Na przełomie stycznia i lutego 1793 roku wojska pruskie zajęły Kościan. Na znak przejęcia miasta zawieszono orła pruskiego na ratuszu i bramach miejskich. Równocześnie zakwaterowano w mieście oddziały wojskowe.
Na Kongresie Wiedeńskim (1815 r.) Kościan wcielono do Wielkiego Księstwa Poznańskiego, które weszło w skład Prus. Znaczny odsetek mieszkańców miasta nadal stanowili rzemieślnicy. W pierwszym okresie niewoli Prusacy nie wykazywali jeszcze specjalnie wrogiego stosunku do rzemiosła, dopiero w 1836 roku zabroniono czeladnikom udawania się na wyjazdy zagraniczne, które dotychczas były warunkiem wyuczenia na mistrza.
Od połowy XIX wieku powstają w mieście organizacje i stowarzyszenia, których zadaniem była obrona polskości przed falą coraz bardziej wzmagającej się germanizacji. W maju 1873 r. powstało z inicjatywy dra Klemensa Koehlera Towarzystwo Przemysłowe, którego celem było podnoszenie poziomu fachowego rzemieślników przez odczyty, propagandę czytelnictwa i wystawy. Obok Towarzystwa Przemysłowego, konkretną pomoc materialną rzemiosłu polskiemu niósł kościański Bank Ludowy (1868 r.).
Czynnikiem, który spowodował rozwój miasta było uruchomienie linii kolejowej Poznań-Wrocław w 1856 r. W 1900 r. otwarto połączenie kolejowe Kościan-Gostyń, a w 1901 r. Kościan-Grodzisk.
W drugiej połowie XIX wieku w Kościanie zaczęto lokalizować zakłady przemysłowe: fabrykę likierów (1861), fabrykę zapałek (1873), cukrownię (1882), mleczarnię (1884).