Pomyślny rozwój miasta został przerwany w czasie najazdu szwedzkiego (1655-1656). Po kapitulacji wielkopolskiego pospolitego ruszenia pod Ujściem, w sierpniu Szwedzi wkroczyli do miasta. Dowódcą grodu został major Forbes. Dnia 4 października 1655 r. podstępnie, poprzez zastawienie fortelu, partyzanci pod dowództwem starosty babimojskiego Krzysztofa Żegockiego zdobyli miasto. Po zdobyciu miasta partyzanci zastawili pułapkę, w której zginął Fryderyk.
Wtedy to w Kościanie zabito około 300 mieszczan, w tym część ukrzyżowano, a 40 szlachciców ścięto na rynku. Szwedzi zrabowali wszystko, co miało jakąś wartość, a następnie spalili prawie całe miasto, niwecząc cały dorobek, jakie miasto wypracowało sobie w okresie "złotego wieku". Pożar zniszczył m.in. zamek starościński, kościół Bożego Ciała. Nie poprzestano na zniszczeniu miasta, ale także palono i mordowano okoliczne miejscowości.
Miasto nie zaznało spokoju po potopie szwedzkim, gdyż w połowie kwietnia 1656 r. do Kościana wkroczyły załogi brandenburskie.
Wydarzenia z lat 1655-1658 poważnie zaciążyły na dalszych losach miasta. Po ciężkich stratach ludnościowych, Kościan nie powrócił już do dawnej świetności (pozostało jedynie 28 % ogólnej liczby domów).
Po krótkim okresie spokoju, gdy miasto dźwigało się z upadku, wkroczyły tu ponownie obce wojska: w 1704 roku Szwedzi, w 1707 wojska carskie. W okresie Konfederacji Barskiej (1768-1772) pod Kościanem stoczono szereg potyczek, w których brali udział kościańscy mieszczanie i rzemieślnicy.
W 1793 roku do miasta wkroczyły wojska pruskie w wyniku II rozbioru Polski. Wielkopolska wraz z Kościanem włączona została do nowej prowincji pod nazwą Prusy Południowe.